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蛋白质组学iTraq

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沈阳莫德医药科技有限公司

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产品说明

技术特点

1、灵敏度高:可检测出较低丰度蛋白,胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等;

2、分离能力强:可分离出酸/碱性蛋白,小于10K或大于200K的蛋白、难溶性蛋白;

3、高通量:可同时对8样本(iTRAQ)或10样本(TMT)进行分析,特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析;

4、结果可靠准确:定性与定量同步进行,同时得出鉴定和定量结果,重复样品间的蛋白表达量相关性可达到0.95以上;

5、自动化程度高:液质连用,自动化操作,分析速度快,分离效果好。


适用范围

药物作用靶点研究
疾病标志物筛选    
植物胁迫/抗逆研究
作用机制研究
物种蛋白质草图构建
要求物种含有已完成全基因组测序或转录组测序注释的CDS信息


服务周期

自送样起45个工作日。

客户提供

需鉴定的样品;
样品信息单,需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。

最终交付

实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。

生物信息学分析内容包括
iTRAQ鉴定:包括鉴定结果统计、重复性分析、Unique肽段数分布、肽段长度分布、蛋白覆盖度分布;
iTRAQ定量:包括定量信息统计、蛋白质丰度比(FC)分布、表达量层次聚类分析;
蛋白质功能注释:包括GO注释、COG注释和Pathway代谢通路注释;
差异蛋白的富集分析:包括差异蛋白的GO富集分析、差异蛋白的Pathway富集分析。


案例一

题目:Photocatalyzing CO2 to CO for Enhanced Cancer Therapy

作者利用iTRAQ研究HisAgCCN处理前后PC-3细胞的蛋白质组变化。结果共鉴定到4052种蛋白质。如图1a-c所示,根据GO分类,所有鉴定的蛋白质可分为三大类(生物学过程,细胞成分和分子功能),进一步细分为59个GO条目。如图1d所示,共鉴定到146种差异表达的蛋白(P≤0.05),其中104种上调,42种下调蛋白质。根据GO分类,图3e、f显示了上调和下调的差异表达蛋白之间的差异。

此外,作者对鉴定到的蛋白进行KEGG注释。图1i显示了一些重要的KEGG途径。为了阐明蛋白之间潜在的相互作用,作者利用STRING绘制了上调和下调蛋白质的蛋白质-蛋白质相互作用网络(图1j)。除了线粒体相关的蛋白质-蛋白质相互作用网络外,STRING还表明HisAgCCN导致参与调节反应(特别是氧化应激)的大量二元相互作用。


图1. 用HisAgCCN处理的PC-3细胞的蛋白质组学分析


案例二

题目:Optically-controlled bacterial metabolite for cancer therapy

利用iTRAQ技术从4T1荷瘤小鼠癌组织(PMT处理组和PBS对照组)中共鉴定到4735个蛋白。如图2a所示,在PMT治疗后,肿瘤组织内鉴定到222个上调的差异蛋白和17个下调的差异蛋白(倍数变化≥1.5和P <0.05,超几何检验)。聚类分析和主成分分析结果显示PBS处理组和PMT处理组之间存在显著差异。对差异蛋白进行GO分析发现,刺激应答、信号、细胞死亡、免疫系统和细胞杀伤相关的蛋白质在PMT组中显著上调(图2b)。相反,与细胞增殖和生长相关的蛋白更多地发生下调。


图2. iTRAQ定量蛋白质组学探索PMT系统的抗癌机制

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